In het HIS zijn algemene functies nodig zoals het bijhouden van een agenda, relatiebeheer of protocollair werken. Deze 'modules' zijn zijn niet uitgewerkt in het HIS-Referentiemodel. In het Referentiemodel worden alleen de raakvlakken tussen deze modules en het HIS beschreven, zodat duidelijk wordt aan welke eisen de modules moeten voldoen om een goede communicatie met het HIS te garanderen.

Sommige modules zijn programma's van derden die de benodigde functionaliteit aanbieden, bijvoorbeeld voor facturering of het voeren van een financiële administratie. Andere modules kunnen door het NHG, de HIS-leveranciers of derden worden uitgewerkt.