De huisarts legt een contra-indicatie vast, wanneer de patiënt een bepaalde indicatie of kenmerk heeft, waar in de medicatiebewaking mogelijk rekening gehouden moet worden. Het gaat hierbij om de kenmerken uit de Nationale Contra-indicatielijst, die gecodeerd in de G-Standaard is opgenomen. De huisarts kan bij het vastleggen van een contra-indicatie een keuze maken alle kenmerken uit de lijst. Op deze wijze kan de huisarts ook een farmacogenetisch kenmerk vastleggen, waar in de medicatiebewaking rekening gehouden kan worden.

De huisarts wordt ondersteund bij het registreren van contra-indicaties wanneer hij een diagnose met ICPC vastlegt in de episode-titel of op de E-regel van het SOEP-verslag. Indien er bij de ICPC, die de huisarts vastlegt, een contra-indicatie hoort (volgens de NHG-tabel 27 ICPC en contra-indicatie aarden), wordt de huisarts gevraagd of hij ook de bijbehorende contra-indicatie wil vastleggen.

De huisarts krijgt op dezelfde manier ondersteuning bij het registreren van een contra-indicatie wanneer hij een behandeling invoert, waar volgens de NHG-Tabel 64 NHG-tabel 27 Behandelingen en contra-indicatie aarden) hoort (bijvoorbeeld een maagresectie die leidt tot de contra-indicatie Bariatrische chirurgie).

Indien de huisarts inderdaad de contra-indicatie wil vastleggen, dan wordt deze vastgelegd met de code van de contra-indicatieaard uit de G-Standaard. De lijst met Contra-indicatie-aarden uit de G-Standaard bevat verschillende soorten contra-indicaties. Wanneer de huisarts een contra-indicatie wil vastleggen zonder voorzet vanuit een ICPC of behandeling, dan kan hij filteren op de soort contra-indicatie.

De huisarts kan een contra-indicatie ook afsluiten indien deze niet meer van toepassing is (bv de contra-indicatie zwangerschap wordt beëindigt na de bevalling). Het HIS ondersteunt de huisarts bij het afsluiten van een contra-indicatie wanneer hij een Episode afsluit of wanneer de Episode-ICPC wordt gewijzigd. Indien de oude Episode-ICPC via NHG-tabel 27 ICPC en contra-indicatie aarden) gerelateerd is aan een bestaande contra-indicatie, dan wordt de huisarts gevraagd of die contra-indicatie afgesloten moet worden. Deze contra-indicatie wordt dan niet meer getoond bij de actuele contra-indicaties en vanaf dat moment houdt de medicatiebewaking geen rekening meer met deze contra-indicatie.